马来西亚不同学校的博士申请流程有差异吗？

有一定差异。但一般都要在学校官网提交申请，上传成绩单、学位证、研究计划等材料，部分学校可能还要求邮寄纸质材料，有的学校面试环节很重要，会考察专业知识和研究潜力。