在马来西亚读博，可以根据自身条件选择合适的公立或私立大学。公立大学的博士选择比较多，可以申请大部分专业的博士，包括文科、理科、工科、商科、医科等。博士留学比较推荐的马来西亚公立大学也是最顶尖的大学主要有：马来亚大学、马来西亚博特拉大学、马来西亚理科大学、马来西亚理工大学、马来西亚国民大学。

　　马来亚大学

　　马来亚大学是马来西亚首屈一指的研究型综合大学，也是全马历史最悠久的高等教育学府，尤以文理学科和医学著称，在许多学科领域享有世界级的声誉。

　　马大的学术水平广受世界承认，在2021年QS世界大学排名中，马大在世界大学排名中位居第65位、亚洲大学排名第8位、马来西亚国内排名第1位，也是马来西亚排名最高的大学。此外，马大也被QS评估为「5星大学」。

　　马来西亚博特拉大学

　　马来西亚博特拉大学是位于马来西亚首都吉隆坡南面附近高科技地段，地处马来西亚硅谷的一所国立大学。前身为马来西亚农业大学（或农大），在九十年代末因多媒体超级走廊计划及新科技学术领域的影响下而在1997年正式被命名为博特拉大学，从而趋于科学工艺方面的迅速发展。现在，博大是马来西亚五所研究型大学之一，同时也是规模最大、学生人数最多（约5万余人）的国立大学。

　　根据QS于2022年的大学排名，马来西亚博特拉大学的世界排名为143名，国内公立大学排名第2名。在《QS最佳50所创校未满50年大学》中则位于第10名。

　　马来西亚国立大学

　　马来西亚国立大学是位于雪兰莪州万宜新镇的一所公立大学。马来西亚国立大学是马来西亚五所国立研究型大学之一。其在QS的2021年度世界大學排名中位于144名，国内公立大学排名第3名。

　　马来西亚国立大学正式成立于1970年5月18日。其临时校区位于吉隆坡班底谷（Lembah Pantai），当时有3个学院，192名学生。1977年10月，搬迁至现址万宜新镇（Bandar Baru Bangi），其为占地1096公顷的校园。至2007年，马来西亚国立大学已扩大至具有12个学院，4个研究所和9个学术中心。

　　马来西亚理科大学

　　马来西亚理科大学是马来西亚一所研究型公立大学，於1969年成立。该校除了是马来西亚学生人数最多的大学，也是一所受马来西亚政府认证的顶尖大学（APEX University）。理科大学在2021年QS世界大学排名中位居第147位，理大众学院以及研究所分布在三个区域：槟岛牛汝莪（Gelugor）主校區，高渊的工程系分校以及吉兰丹古邦阁亮（Kubang Kerian）的医学分校。

　　除此之外，理大也有几所研究中心，分布在马来西亚各地，包括位於可拉春海滩的海洋研究中心（CEMACS）和位於武吉占姆（Bukit Jambul）的化学生物研究中心（CCB）。

　　马来西亚理工大学

　　马来西亚理工大学是马来西亚史上最悠久及闻名的专门教授工程与科技的国立大学，并提供各种工程与技术科系。此外，工大在校内不同的学院也提供教育科系、理科科系、管理科科系以及人力资源发展科系。工大可说是马来西亚工程师及相关专业人士的主要来源，而工大校友会则在工程与科技相关领域的发展方面也扮演了一定的角色。理工大学在2022年QS世界大学排名中位居第191位。

　　工大的20万多学生当中，有超过25%是修读硕士以及博士学位。自90年代起，来自亚洲邻国、中东以及非洲的工大外国留学生也渐渐增加，尤其是修读硕士和博士学位的留学生。工大毕业生也逐渐到世界各地的学术和专业机构发展。学校文凭受马来西亚政府承认，教学以马来文与英文为主，有图书馆，电脑设备，及足够的宿舍让学生住宿。

　　而马来西亚私立大学的博士专业主要以商科和教育学为主。其中比较推荐读博的私立院校有：思特雅大学、英迪大学、泰莱大学和世纪大学等，这些私立大学的部分专业都是很强。